Για την υλοποίηση των προγραμμάτων του το ΙΝ.ΣΠ.Ε.Ε. έχει συνεργαστεί από το 2002 με τους παρακάτω φορείς:
Ακαδημαϊκά Ιδρύματα
Τμήμα Γεωλογίας – Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης
Τμήμα Αγρονόμων Τοπογράφων Μηχανικών – Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης
Τμήμα Βιολογίας – Πανεπιστήμιο Κρήτης
Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης – Πανεπιστήμιο Κρήτης
Τμήμα Βιολογίας – Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Ζωολογικό Μουσείο – Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Κρατικοί φορείς και Τοπική Αυτοδιοίκηση
Υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας
Υπουργείο Απασχόλησης και Κοινωνικής Προστασίας
Πρώην Δήμος Σταυρούπολης Ξάνθης
Πρώην Δήμος Νεάπολης Λασιθίου
Αναπτυξιακοί φορείς
Αναπτυξιακή Ξάνθης
Αναπτυξιακό Κέντρο Ορεινού Μαλεβιζίου-Μυλοποτάμου Α.Ε. (ΑΚΟΜ-Μ A.E.)
Οργανισμός Ανάπτυξης Ανατολικής Κρήτης (ΟΑΝΑΚ)
Φορείς εκπαίδευσης και δια βίου μάθησης
Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Ανωγείων
Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Ιεράπετρας – Νεάπολης
Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Αρχανών – Ρούβα – Γουβών
Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Βάμου
Σύλλογοι και Περιβαλλοντικές οργανώσεις
Ελληνική Σπηλαιολογική Εταιρεία – Τμήμα Κρήτης
Φυσιολατρικός Ορειβατικός Σύλλογος Σητείας
Άλλοι φορείς
Εταιρεία Αξιοποίησης και Διαχείρισης Περιουσίας του Πανεπιστημίου Κρήτης
Φυσικό Πάρκο Ψηλορείτη, UNESCO